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Orecchini Tiffany Cuore Misure e la base Ns qualità Ancora

Orecchini Tiffany Cuore Misure

L'emergere di sequenziamento di prossima generazione di tecnologie (NGS) ha migliorato in modo significativo il throughput sequencing e costi ridotti. Tuttavia, la lunghezza lettura breve, duplicato legge e massiccio volume di dati rendono il trattamento molto più difficile e complicata della tecnologia di Tiffany Gioielli Milano sequenziamento prima generazione. Anche se ci sono alcuni pacchetti software sviluppati per valutare la qualità dei dati, questi pacchetti o non sono facilmente disponibili Orecchini Tiffany Cuore Misure agli utenti o richiedere bioinformatica competenze e le risorse del computer. Inoltre, quasi tutti i software di valutazione della qualità attualmente disponibili non hanno preso in considerazione gli errori di sequenziamento quando si tratta con la valutazione duplicati nei dati NGS. Qui vi presentiamo un nuovo pacchetto software di facile valutazione della qualità chiamato BIGpre, che funziona sia per Illumina e 454 piattaforme. BIGpre contiene tutte le funzioni di altri software di valutazione della qualità, come ad esempio la correlazione tra avanti e indietro legge, la distribuzione di leggere GC-contenuti, e la base Ns qualità. Ancora più importante, BIGpre incorpora programmi associati per rilevare e rimuovere duplicati legge dopo aver preso gli errori di sequenziamento in considerazione e il taglio di bassa qualità si legge dai dati grezzi pure. BIGpre è scritto principalmente in Perl ed integra capacità grafica del software statistico R. Questo pacchetto produce sia tabellare e le sintesi grafiche di qualità dei dati per il set di dati di sequenziamento di Illumina e 454 piattaforme. Elaborazione centinaia di milioni si legge in pochi minuti, questo pacchetto fornisce informazioni di diagnostica immediata per l'utente di manipolare i dati di sequenziamento per le analisi a valle. BIGpre è liberamente disponibile a http://bigpre.sourceforge.net.
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